Niet alleen de sporen van de kleinsporige franjehoed zijn klein, maar ook de paddenstoel zelf blijft klein en is in zijn grootte dan te onderscheiden van de veel algemenere witsteelfranjehoed (Psathyrella piluliformis). Beide soorten groeien graag in bundels.

Het onderscheidend kenmerk tussen beide soorten is de vorm van de cystiden. De pleurocystiden van de kleinsporige franjehoed hebben een opvallend aanhangsel aan de top; de cheilocystiden zijn kort en bijna ballonvormig.

De kleinsporige franjehoed is nog maar sinds 1990 in Nederland bekend. Hij komt het meeste voor in Drenthe.